目前，钱塘江生态保护与污染治理中存在的问题：

    一是上游地区生态补偿机制不完善。开化县和淳安县地处钱塘江源头，生态保护任务非常重，由于现行的生态补偿办法不够合理，生态转移的收入远不能弥补当地财政投入和损失，造成两县财政负担沉重，影响了上游地区保护生态环境的积极性。

    二是中下游部分地区污染形势仍然严峻。钱塘江流域大部分断面水质基本维持在Ⅱ类和Ⅲ类(即较轻度污染和轻度污染)之间，但仍有部分断面处于劣Ⅴ类(基本丧失水体功能)和Ⅴ类(严重污染)水质（常年维持在8至10个），南江、东阳江、金华江、武义江为流域污染最严重区域，存在氨氮、总磷和石油类污染。同时，垃圾倾倒和不达标污水偷排、漏排的现象时有发生。

    三是全流域环境治理设施、体制有待完善；环境监测和治理设施空置，设备运行、维护和管理仍不到位，治理效率有待提高；各级环保部门职责不够明确。乡镇环境基础设施建设比较滞后。

    对此，建议，一是建立整个钱塘江流域“五水共治”区域联动机制，实行流域综合管理。二是建立长期钱塘江流域水生态动态监测网络，流域上下联动预警、处理机制和应急补偿和处罚措施。三是建立严格的评估与监管体系，优化流域生态补偿机制。开征流域生态建设税，从中列出流域生态补偿专项资金，能使流域生态补偿资金来源稳定，有保障。各地应积极探索异地开发、水资源使用权交易、排污权交易等多种形式的生态补偿方式。在对流域生态补偿基金的运用上，要保证生态补偿资金最终落实到各个生态建设项目上来，要建立和完善生态建设项目的申报、评估与落实机制。